BioHakuj to! Czyli jak w danych biologicznych szukać sensu i znaleźć ciekawe możliwości!

Tegoroczny maj był wyjątkowy dla polskiej bioinformatyki. Dlaczego? Właśnie wtedy odbyła się pierwsza edycja hakatonu bioinformatycznego “BioHack” – 3-dniowego wydarzenia podczas którego 10 zespołów łamało sobie głowy nad tym jak w dostępnych danych biologicznych znaleźć ciekawe i godne wykorzystania informacje lub jak te informacje wygodnie zaprezentować.

 

Co to jest hakaton bioinformatyczny?

Hakaton bioinformatyczny “BioHack” to konkurs wymagający zarówno wiedzy informatycznej jak i zrozumienia zagadnień biologicznych (np. genetycznych). W trakcie trwania wydarzenia uczestnicy mierzą się z  realnymi wyzwaniami stawianymi przez współczesną naukę i posługują się rzeczywistymi (zanonimizowanymi!) danymi biologicznymi oraz najnowszymi technologiami informatycznymi.

W pierwszej edycji “BioHack” zadania były zróżnicowane. Niektórzy uczestnicy pracowali nad zagadnieniami z pogranicza kryminalistyki jak budowa modelu przewidywania koloru oczu na podstawie próbki DNA w oparciu o algorytmy sztucznej inteligencji. Inni stawiali sobie wyzwania współczesnej medycyny i przemysłu – wyszukiwali najbardziej skuteczne wirusy atakujące bakterie – bakteriofagi.

Z podobnymi wyzwaniami na co dzień muszą mierzyć się pracownicy biobanków, osoby zajmujące się diagnostyką genetyczną lub badaniami populacyjnymi oraz pracownicy działów R&D takich firm jak Ardigen czy Proteon Pharmaceuticals – sponsorzy “BioHack” .

 

Kto wygrał?

Na podium stanęły 3 drużyny. Zwycięski zespół “Phage Finders” złożony z Piotra Tyneckiego, Sebastiana Burzyńskiego, Mateusza Choińskiego, Michała Jadczuka i Krzysztofa Ruczaja podszedł do tematu bardzo profesjonalnie i po 19 godzinach nieprzerwanej pracy zaproponował działające w oparciu o język Python, webowe narzędzie do analizy danych umożliwiające klasyfikację bakteriofagów i przewidywanie ich cyklu życia (lityczny lub lizogeniczny) na podstawie dostępnych sekwencji genetycznych. Aplikacja używa algorytmów sztucznej inteligencji (AI) – tak zwanych konwolucyjnych sieci neuronowych (CNN).

Cykle życiowe bakteriofagów są istotne, ponieważ ich zrozumienie prawdopodobnie umożliwi zrozumienie mechanizmu przekazywania sobie genów przez bakterie. Same bakteriofagi są obecnie badane do zastosowań w leczeniu infekcji bakteryjnych, stosowane w diagnostyce laboratoryjnej i wykorzystywane w mapowaniu genomów bakterii. Bada się je też pod kątem produkcji artykułów spożywczych oraz zastosowania w agrokulturze.

Zwycięska drużyna ma teraz dużo pracy w ramach podejmowanych prób komercjalizacji swojej aplikacji!

 

Rezerwujcie maj 2019- kolejna edycja BioHacku nabiera rozpędu!

Konkurs, zorganizowany przez Boost Biotech Polska we współpracy z BioBankiem Uniwersytetu Łódzkiego skierowany był do szerokiego grona osób z pogranicza informatyki i bio(techno)logii – wśród uczestników byli zarówno programiści, jak i biolodzy lub biotechnolodzy – osoby z dużym doświadczeniem, ale i studenci, nierzadko samodzielnie uczący się programowania!

Zainteresowanie biohakatonem było ogromne! Zgłoszenia napłynęły ze wszystkich zakątków Polski, mieliśmy nawet uczestnika z zagranicy! Wszyscy utworzyli drużyny, wylosowali zadania i zabrali się do długiej (wręcz całonocnej!) pracy.

Uczestnicy są zgodni – BioHack jest okazją do poznania otwartych na współpracę pasjonatów bioinformatyki w każdej postaci! Entuzjazm, duże zainteresowanie i bardzo pozytywne opinie uczestników, partnerów i sponsorów sprawiły, że już za rok znów zmierzymy się z wyzwaniami rzucanymi przez współczesną naukę. Sledźcie nas na www.biohack.com.pl oraz na profilu wydarzenia na Facebooku!

 

Dodaj komentarz