BioHakuj to! Czyli jak w danych biologicznych szukać sensu i znaleźć ciekawe możliwości!

biohack winners

Tegoroczny maj był wyjątkowy dla polskiej bioinformatyki. Dlaczego? Właśnie wtedy odbyła się pierwsza edycja hakatonu bioinformatycznego “BioHack” – 3-dniowego wydarzenia podczas którego 10 zespołów łamało sobie głowy nad tym jak w dostępnych danych biologicznych znaleźć ciekawe i godne wykorzystania informacje lub jak te informacje wygodnie zaprezentować.

 

Co to jest hakaton bioinformatyczny?

Hakaton bioinformatyczny “BioHack” to konkurs wymagający zarówno wiedzy informatycznej jak i zrozumienia zagadnień biologicznych (np. genetycznych). W trakcie trwania wydarzenia uczestnicy mierzą się z  realnymi wyzwaniami stawianymi przez współczesną naukę i posługują się rzeczywistymi (zanonimizowanymi!) danymi biologicznymi oraz najnowszymi technologiami informatycznymi.

W pierwszej edycji “BioHack” zadania były zróżnicowane. Niektórzy uczestnicy pracowali nad zagadnieniami z pogranicza kryminalistyki jak budowa modelu przewidywania koloru oczu na podstawie próbki DNA w oparciu o algorytmy sztucznej inteligencji. Inni stawiali sobie wyzwania współczesnej medycyny i przemysłu – wyszukiwali najbardziej skuteczne wirusy atakujące bakterie – bakteriofagi.

Z podobnymi wyzwaniami na co dzień muszą mierzyć się pracownicy biobanków, osoby zajmujące się diagnostyką genetyczną lub badaniami populacyjnymi oraz pracownicy działów R&D takich firm jak Ardigen czy Proteon Pharmaceuticals – sponsorzy “BioHack” .

 

Kto wygrał?

Na podium stanęły 3 drużyny. Zwycięski zespół “Phage Finders” złożony z Piotra Tyneckiego, Sebastiana Burzyńskiego, Mateusza Choińskiego, Michała Jadczuka i Krzysztofa Ruczaja podszedł do tematu bardzo profesjonalnie i po 19 godzinach nieprzerwanej pracy zaproponował działające w oparciu o język Python, webowe narzędzie do analizy danych umożliwiające klasyfikację bakteriofagów i przewidywanie ich cyklu życia (lityczny lub lizogeniczny) na podstawie dostępnych sekwencji genetycznych. Aplikacja używa algorytmów sztucznej inteligencji (AI) – tak zwanych konwolucyjnych sieci neuronowych (CNN).

Cykle życiowe bakteriofagów są istotne, ponieważ ich zrozumienie prawdopodobnie umożliwi zrozumienie mechanizmu przekazywania sobie genów przez bakterie. Same bakteriofagi są obecnie badane do zastosowań w leczeniu infekcji bakteryjnych, stosowane w diagnostyce laboratoryjnej i wykorzystywane w mapowaniu genomów bakterii. Bada się je też pod kątem produkcji artykułów spożywczych oraz zastosowania w agrokulturze.

Zwycięska drużyna ma teraz dużo pracy w ramach podejmowanych prób komercjalizacji swojej aplikacji!

 

Rezerwujcie maj 2019- kolejna edycja BioHacku nabiera rozpędu!

Konkurs, zorganizowany przez Boost Biotech Polska we współpracy z BioBankiem Uniwersytetu Łódzkiego skierowany był do szerokiego grona osób z pogranicza informatyki i bio(techno)logii – wśród uczestników byli zarówno programiści, jak i biolodzy lub biotechnolodzy – osoby z dużym doświadczeniem, ale i studenci, nierzadko samodzielnie uczący się programowania!

Zainteresowanie biohakatonem było ogromne! Zgłoszenia napłynęły ze wszystkich zakątków Polski, mieliśmy nawet uczestnika z zagranicy! Wszyscy utworzyli drużyny, wylosowali zadania i zabrali się do długiej (wręcz całonocnej!) pracy.

Uczestnicy są zgodni – BioHack jest okazją do poznania otwartych na współpracę pasjonatów bioinformatyki w każdej postaci! Entuzjazm, duże zainteresowanie i bardzo pozytywne opinie uczestników, partnerów i sponsorów sprawiły, że już za rok znów zmierzymy się z wyzwaniami rzucanymi przez współczesną naukę. Sledźcie nas na www.biohack.com.pl oraz na profilu wydarzenia na Facebooku!

 

Dodaj komentarz

Twój adres email nie zostanie opublikowany. Pola, których wypełnienie jest wymagane, są oznaczone symbolem *